Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

• alignIt() : Galignment.h, Galignment.c
• allocateMtx() : umr.cpp
• ALNLEN : Galignment.c
• checkArgs() : main.cpp
• circular1 : globalVars.h, globalVars.cpp
• circular2 : globalVars.h, globalVars.cpp
• eValue : globalVars.h, globalVars.cpp
• extractGaps() : umr.cpp
• extractUnmatchedRegions() : umr.cpp
• findGaps() : umr.cpp
• freeMtx() : umr.cpp
• gapExtractLen : globalVars.h, globalVars.cpp
• gapJoinLen : globalVars.h, globalVars.cpp
• getIntersection() : umr.cpp
• input1 : globalVars.h, globalVars.cpp
• input2 : globalVars.h, globalVars.cpp
• input3 : globalVars.h, globalVars.cpp
• joinGaps() : umr.cpp
• main() : main.cpp
• mergeGaps() : umr.cpp
• stitchDifference : globalVars.h, globalVars.cpp
• stitchDistance : globalVars.h, globalVars.cpp
• stitchMinLen : globalVars.h, globalVars.cpp

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