• alignIt() : Galignment.h, Galignment.c
• allocateMtx() : umr.cpp
• checkArgs() : main.cpp
• extractGaps() : umr.cpp
• extractUnmatchedRegions() : umr.cpp
• findGaps() : umr.cpp
• freeMtx() : umr.cpp
• getIntersection() : umr.cpp
• joinGaps() : umr.cpp
• main() : main.cpp
• mergeGaps() : umr.cpp

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